PPP模式（Public-Private Partnership，公私合作模式）在运作过程中存在以下弊端：
由于金融市场对私营机构信用水平的认可度通常略低，导致私营机构的融资成本通常要高于公共机构的融资成本。
PPP模式普遍采用的特许经营制度可能导致垄断，中标的投资运营商获得了一定程度的垄断性，利益基本上能得到合同保障，这可能减弱私营机构降低成本、提高服务品质的动力。
PPP项目通常需要多个独立参与者通力合作，导致整个项目的约束条件增加，交易成本上升。此外，复杂的交易结构需要公共部门和私营机构建立与PPP模式相匹配的专业能力，现阶段国内相关方面的能力欠缺较为明显。
为了项目长期运行稳定，PPP合同可能会比较严格，灵活性不够，公共部门或私营机构在起草合同的时候，很难将未来的变化充分地考虑进来，导致项目后期管理不能因时制宜。
在PPP模式下，私营机构需要补偿项目相关的全部成本并获得合理水平的投资收益，对产品或服务进行市场化的定价，可能增加公众的直接使用成本。然而，定价机制的确定同样困难，尤其在涉及多边合作的PPP项目中。
由于PPP项目需要协调更多参与方的利益，项目管理成本（包括公共部门对项目监管、为项目提供准备工作和支持等产生的成本）会略高于公共部门独立开展项目的成本。
由于不同的风险分配给管理该类风险的组织，这些组织可能缺乏相关项目运作经验，难以保证项目建设质量，无力控制项目建设成本，甚至可能导致项目失败。
由于工作团队缺乏相关项目运作经验，项目完成后积累的经验和教训可能在当地无法应用，导致资源浪费和效率较低。
综上所述，PPP模式虽然具有许多优势，但在实际运作过程中也存在一些明显的弊端，需要通过合理的政策设计、合同管理和能力建设来加以应对和解决。
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